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Cryondo’s #JournalClub: no. 020

"Impact of Ambient Temperature Sample Storage on the Equine Fecal Microbiota"

Es ist bekannt, dass die Lagerungsbedingungen der Proben die fäkale Mikrobiota beeinflussen. De Bustamante et al. verglichen die sofortige Lagerung bei -80 °C mit der Lagerung bei Raumtemperatur und anschließendem Einfrieren nach 6, 12, 24, 48, 72 und 96 Stunden nach der Entnahme. Die Mikrobiota wurden durch Sequenzierung der V4-Region der 16S rRNA-Gene analysiert. Fibrobacteraceae (Fibrobacter) und Ruminococcaceae (Ruminococcus) waren in Proben von 0 und 6 Stunden angereichert, während Taxa aus den Familien Bacillaceae, Planococcaceae, Enterobacteriaceae und Moraxellaceae in Proben, die 24 Stunden oder länger bei Raumtemperatur gelagert wurden, angereichert waren. Die Zusammensetzung des Mikrobioms war bei Proben, die bei 0 h und bei sechs h entnommen wurden, ähnlich, unterschied sich jedoch deutlich zwischen Proben, die bei 0 h und bei 12 h oder länger eingefroren wurden. Die Autoren kommen zu dem Schluss, dass die Lagerzeit vor dem Einfrieren bei -80 °C etwa 6 Stunden bei Raumtemperatur betragen kann. Eine Überschreitung der 6 Stunden führte zu Veränderungen bei der Alpha-Diversität, der Zusammensetzung des Mikrobioms und der Struktur der angereicherten Taxa. Daher ist das Einfrieren bei -80°C für eine langfristige Lagerung unerlässlich.

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Cryondo’s #JournalClub: no. 019

„„A longitudinal SARS-CoV-2 biorepository for COVID-19 survivors with and without post-acute sequelae““ LaVergne, Stephanie M., Sophia Stromberg, Bridget A. Baxter, Tracy L. Webb, Taru S.

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Cryondo’s #JournalClub: no. 019

„„A longitudinal SARS-CoV-2 biorepository for COVID-19 survivors with and without post-acute sequelae““

LeVergne at al. beschreiben einen longitudinalen SARS-CoV-2-Biobanking-Ansatz namens Northern Colorado SARS-CoV-2 Biorepository (NoCo-COBIO). Sie nahmen 119 Erwachsene seit Juli 2020 mit einer Nachbeobachtungsrate von 66 % auf. Zu vier Zeitpunkten wurden Blut-, Speichel-, Stuhl-, Nasopharyngeal- und Muttermilchproben entnommen. Die Analysen der Proben umfassen Erregernachweis, Immunprofilierung, mikrobielle Sequenzierung, Metabolomik sowie Proteomik. Die Teilnehmer stellten etwa 50 ml Blut (5 x 8 ml Natriumcitrat, 5 ml Serumseparatorröhrchen) und 5 ml Speichel mit und ohne virale Transportmedien zur Verfügung. Speichelproben werden durch Abhusten entnommen, oder es wird eine Trachealaspiratprobe entnommen, wenn die Teilnehmer intubiert sind. Nasopharyngeale Proben werden mit einem vergitterten Nasenabstrich entnommen. Für die Lagerung wurden PBMCs gewonnen und in Gefriermedien (90 % hitzeinaktiviertes fötales Rinderserum) und 10 % Dimethylsulfoxid (DMSO) kryokonserviert. PBMC werden zunächst in einem mit Isopropanol gefüllten Nalgene® Mr. Frosty (Thermo Scientific) bei – 80 °C für 24 Stunden gelagert und dann zur langfristigen Kryokonservierung in flüssigen Stickstoff überführt. Alle anderen Proben werden ebenfalls bei -80 °C gelagert.

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Cryondo’s #JournalClub: no. 018

„Effect of subfreezing storage on the qualities of dough and bread containing pea protein“

Dai et al. untersuchten die Lagerung von Teig, der Erbsenproteine enthält, bei Temperaturen unter dem Gefrierpunkt, nämlich bei -6 °C, -9 °C und -12 °C. Auch die Lagerungsdauer wurde untersucht und variierte zwischen 1 und 6 Wochen. Die Ergebnisse zeigten, dass die Stabilität von Teig, der Erbsenprotein enthält, bei Tiefkühllagerung ähnlich hoch ist wie bei herkömmlicher Tiefkühllagerung. Die Tiefkühllagerung mit Erbsenprotein kann also eine neue Methode darstellen.

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Cryondo’s #JournalClub: no. 017

„Determination of metallic nanoparticles in biological samples by single particle ICP-MS: a systematic review from sample collection to analysis“

Dieser Review von Laycock et al. zeigt, wie wichtig die Probenlagerung von biologischen Proben für die Analyse von technisch hergestellten Nanomaterialien (ENMs) mittels ICP-MS ist. Aufgrund der Heterogenität der Materialien und Proben konnte kein einheitliches Protokoll beschrieben werden. Dennoch zeigte die alkalische Extraktion eine gute Anwendbarkeit auf tierisches Gewebe. Für Pflanzen werden enzymatische Ansätze beschrieben. Obwohl die Metriken der verschiedenen Studien nicht einheitlich sind, werden zusätzlich Protokolle für Bioflüssigkeiten zusammengefasst, die die Breite der Präparationsansätze wie sauer, verdünnt, alkalisch, lysierend und enzymatisch zeigen. Aspekte der Lagertemperatur, des Einfrierens und des Behältermaterials (Kunststoff oder Glas) wurden beschrieben, aber es konnten keine Empfehlungen ausgesprochen werden. Die Autoren fordern Harmonisierungsmaßnahmen, einschließlich der Definition von zertifiziertem Referenzmaterial, Nomenklatur sowie eines Entscheidungsbaums für die Wahl der richtigen Methode für das richtige Material und den richtigen Gewebetyp.

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Leukämie Uncategorized

Cryondo’s #JournalClub: no. 001

"Impact of Pre-Analytical and Analytical Variables Associated with Sample Preparation on Flow Cytometric Stainings Obtained with EuroFlow Panels"

In einer kürzlich erschienenen Veröffentlichung des EuroFlow-Konsortiums werden die Auswirkungen präanalytischer und analytischer Faktoren auf die Variabilität der relativen Zellverteilung und der Markerexpressionswerte beschrieben. Die Unterschiede in den Ergebnissen durch verschiedene Gerinnungsmittel, das Zeitintervall zwischen Probenentnahme, -aufbereitung und -erfassung, den pH-Wert von Waschpuffern und andere Färbeprotokolle wurden an Proben von gesunden Spendern sowie von Patienten mit verschiedenen hämatologischen Malignomen wie akuter Leukämie, Lymphomen, multiplem Myelom und myelodysplastischem Syndrom untersucht. Die Ergebnisse deuten auf eine von den Zelltypen und Markern abhängige Wirkung hin. Nichtsdestotrotz ist die Festlegung eines ausgewogenen Verfahrens (Lagerungszeit von 24 Stunden, Färbeerfassungszeit von drei Stunden und Wahl eines Waschpuffers mit einem pH-Wert von 7,2 bis 7,8), wie in den aktuellen EuroFlow SOPs beschrieben, für die meisten Anwendungen und Umstände geeignet.

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