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"Impact of Ambient Temperature Sample Storage on the Equine Fecal Microbiota"

Martin de Bustamante, Michelle, Caryn Plummer, Jennifer MacNicol, und Diego Gomez. „Impact of Ambient Temperature Sample Storage on the Equine Fecal Microbiota“. Animals: An Open Access Journal from MDPI 11, Nr. 3 (15. März 2021): 819.

Es ist bekannt, dass die Lagerungsbedingungen der Proben die fäkale Mikrobiota beeinflussen. De Bustamante et al. verglichen die sofortige Lagerung bei -80 °C mit der Lagerung bei Raumtemperatur und anschließendem Einfrieren nach 6, 12, 24, 48, 72 und 96 Stunden nach der Entnahme. Die Mikrobiota wurden durch Sequenzierung der V4-Region der 16S rRNA-Gene analysiert. Fibrobacteraceae (Fibrobacter) und Ruminococcaceae (Ruminococcus) waren in Proben von 0 und 6 Stunden angereichert, während Taxa aus den Familien Bacillaceae, Planococcaceae, Enterobacteriaceae und Moraxellaceae in Proben, die 24 Stunden oder länger bei Raumtemperatur gelagert wurden, angereichert waren. Die Zusammensetzung des Mikrobioms war bei Proben, die bei 0 h und bei sechs h entnommen wurden, ähnlich, unterschied sich jedoch deutlich zwischen Proben, die bei 0 h und bei 12 h oder länger eingefroren wurden. Die Autoren kommen zu dem Schluss, dass die Lagerzeit vor dem Einfrieren bei -80 °C etwa 6 Stunden bei Raumtemperatur betragen kann. Eine Überschreitung der 6 Stunden führte zu Veränderungen bei der Alpha-Diversität, der Zusammensetzung des Mikrobioms und der Struktur der angereicherten Taxa. Daher ist das Einfrieren bei -80°C für eine langfristige Lagerung unerlässlich.

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