Lagerung HPV-Proben: Effekt der Probenart auf die Ergebnisse – #JournalClub no. 47

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"HPV genotyping by L1 amplicon sequencing of archived invasive cervical cancer samples: a pilot study"

C. D. Warden et al., Infect. Agent. Cancer, Bd. 17, Nr. 1, S. 44, Aug. 2022

Lagerung HPV-Proben, HPV-Genotypisierung, Effekt auf Probenarten, DNA, FFPE, Gewebe

Ziel und Umfang der Studie

Warden et al. untersuchten den Einfluss geografischer und demografischer Faktoren sowie der Probenentnahme, -aufbereitung, -lagerung und -analyse von 128 Proben von invasivem Gebärmutterhalskrebs (ICC) und deren Auswirkung auf die Genotypisierung des humanen Papillomavirus (HPV) innerhalb des HPV L1-Gens. Zu den histologischen Subtypen gehörten unter anderem Adenokarzinom (AC), adenosquamöses Karzinom (ASC) und Plattenepithelkarzinom (SCC).

Lagerung HPV-Proben und Probenarten

Bei den Proben handelte es sich um archivierte DNA, gefrorenes Gewebe und in Formalin fixiertes, in Paraffin eingebettetes Gewebe (FFPE), die im Raum Los Angeles gesammelt wurden. Die DNA wurde bei -80 °C, gefrorenes Gewebe bei -20 °C und FFPE bei Raumtemperatur gelagert.

Verschiedene Ergebnisse je nach Probenart

Der prozentuale Anteil menschlicher Reads und die Konzentration der amplifizierten DNA waren entscheidend für die Bewertung der HPO-Genotyphäufigkeiten. Während es keine robuste Auswertung für demografische und geografische Faktoren gab, konnten Unterschiede im Genotyp nachgewiesen werden. So wurde festgestellt, dass der Anteil von HPV58 in FFPE-Proben im Vergleich zu anderen Probentypen größer ist. Darüber hinaus wurden in DNA- und gefrorenem Gewebe, nicht aber in FFPE-Proben, höhere Anteile von HPV16 in SCC und HPV18 in AC und ASC nachgewiesen.

Schlussfolgerung

Die Autoren kommen daher zu dem Schluss, dass es einen eindeutigen Zusammenhang zwischen den Ergebnissen und dem Probentyp gibt.

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